As doenças trazidas pelos brancos, especialmente a varíola, tratada com grandes doses de cachaça, exterminaram milhares de índios. Informa Saint-Hilaire que houve ocasiões em que os brancos tentaram aplicar-lhes "guerra bacteriológica", dando-lhes roupas de pessoas que haviam morrido de infecções variólicas ou sarampo, o que resultava em novas lutas.

Pelo menos sete tribos, tendo à frente os pataxós ("que os odeiam"), juntaram-se, no início do século XIX, na região do Cricaré (hoje município de Conceição da Barra, São Mateus e Nova Venécia), contra seus incômodos vizinhos. Faziam parte da aliança os maconis, os malalis, os capuchus, os cumanchos, os machacas e os panhamis. Os botocudos, por muito tempo, causaram horror a brancos e mestiços das aldeias litorâneas do Espírito Santo.

O conde de Linhares, dono de uma fazenda no Rio Doce freqüentemente atacada pelos botocudos, em célebre proclamação, incitou à guerra sem quartel contra eles, ordem que era, de acordo com o testemunho de Maximiliano, fielmente seguida pelo oficial subalterno de Riacho e provavelmente pelos outros quartéis ao longo da costa Norte espírito-santense.

A difícil aculturação dos índios

Vamos examinar, segundo depoimentos de Manizer e Fróes de Abreu, alguns aspectos dos botocudos, conforme eles se apresentavam até 1926. Manizer esteve durante seis meses no Posto Indígena de Pancas, próximo da atual cidade de Colatina, hoje extinto, e no aldeamento de Lajão, que provavelmente foi transformado no atual Posto Guido Marliére, perto de Resplendor, onde Fróes de Abreu os visitou. Neste século, a abertura da Estrada de Ferro Vitória-Minas, hoje incorporada ao patrimônio da Companhia Vale do Rio Doce, e a colonização do médio Rio Doce por imigrantes alemães (de que o romance "Canaã", de Graça Aranha, traça os primórdios), italianos e nacionais, aumentaram o contato dos botocudos com os "caraí" que os chamavam de "pobres índios".

Mesmo assim, Manizer, em 1915, ainda teve notícias do ataque a flechas que os índios fizeram sobre uma canoa carregada com porcos, talvez em virtude da fome, freqüente entre os grupos que ele visitara (minia-jirunas, gout-krakis, nakrekés e naknuks). Mas o trem "que o governo manda" logo se incorporou ao mundo mental dos índios, às suas imagens e favoreceu seus contatos com os brancos. Vejamos: em 1915, a base econômica era a mesma do tempo de Maximiliano, cem anos antes: caças com arcos e flechas, catança de sapucaia e jenipapo. É verdade que os homens haviam aprendido a plantar mandioca, banana e batatas e começaram a pescar 11 anos após, quando da visita de Fróes de Abreu. A mudança observada era intensa. Ele visitou apenas o Posto Guido Marliére, onde havia crenaques e não naknuks. Segundo seu relato, "havia modificação de hábitos com adoção de novas práticas, o que levaria à extinção da tribo". Os índios eram 22 e não passavam de assalariados do SPI (Serviço de Proteção ao Índio), ao qual recorriam para a solução dos menores casos, e recebiam de acordo com o ponto anotado pelo capitão Juquino.

Os botoques, tanto os auriculares (neto) quanto os labiais (gume), estavam em desuso, sendo encontrados somente em três indivíduos, o mesmo ocorrendo com a pintura de corpo. Adotavam muitos dos costumes dos brancos, como o uso de perfumes, a gravata e o colarinho. Arcos e flechas só eram fabricados com técnicas simplificadas, para venda na próxima estação da Vitória-Minas, na época a dez mil réis cada.

Em relação aos tupiniquins, pertencentes ao grupo lingüístico tupi-guarani, o professor Celso Perota, da Universidade Federal do Espírito Santo, lastreou referências à sua presença nas terras do atual município de Aracruz, em Jean Lery (1557), que os encontrou na foz do Rio Piraquê-Açu. Posteriormente, achou referências no livro "Tombo de Vila de Nova Almeida", em João Teodoro Descourtily, Maximiliano, Saint-Hilaire, Biard, D. Pedro II e Augusto Ruschi. Lembra Perota que o governo permitiu que a Companhia Ferro e Aço explorasse carvão vegetal no território indígena, também invadido por posseiros. A condenação de guerra do conde de Linhares aos botocudos atraiu para as regiões de influência dos rios Doce, São Mateus e Mucuri aventureiros de todo tipo. Eles precediam os criminosos que o conde trouxe de várias partes do Brasil para atacar os botocudos. A todos era dado o direito de aprisionar os índios e transforma-los em escravos. Mas aqueles que abatessem não seriam passíveis de nenhuma punição. Diante dessa oferta, os mais bravos (para não dizer sanguinários) homens do sertão vieram para território botocudo, inclusive o terrível Diogo Martins Cão, o matador de negros. Tinha um único objetivo: explorar ouro e esmeraldas, através do morticínio dos índios.

Primeiros passos da pacificação dos índios

Na província de Minas Gerais, a pacificação se deveu ao francês Guido Thomas de Marliére. Este, em carta de 18 de novembro de 1825, faz ao governo Imperial uma série de recomendações, inclusive no sentido de que fossem encorajados os casamentos mistos. Porém, no baixo Rio Doce, os botocudos continuaram em conflito com os brancos e, para fugirem à escravização, situação em que eram tratados a golpes de palmatória, dirigiam-se para Minas.

Mesmo assim, os naknenuks da margem Norte do Rio Doce, mais tarde reunidos no Posto Indígena de Pancas, ao tempo da pacificação em Minas, mandavam suas mulheres ao encontro dos brancos, mostrando seus machados de pedras e lamentando-se das condições de trabalho, como que pedindo clemência.

De acordo com pesquisa realizada pelo ecólogo Paulo Fraga (que levantou a história do desmatamento do Espírito Santo), eram numerosos os botocudos no século passado. Foram imbatíveis durante 300 anos (séculos XVI, XVII, XVIII e ainda parte do XIX), impedindo, praticamente, durante esse período, o acesso a seus territórios de expedições estrangeiras e as penetrações de civilizados. Essa resistência, segundo o pesquisador, é a única explicação para o imenso ódio que o branco sempre lhe devotou.